企业自己申请 ISO9001 认证可能存在以下不确定性：

一、标准理解的不确定性

对标准条款的误读：ISO9001 标准的条款较为复杂和专业，企业人员在自行理解时可能出现偏差。例如，对于 “持续改进” 这一要求，企业可能认为只要偶尔进行一些小的改进活动就满足了标准，但实际上标准要求建立持续改进的机制，包括确定改进的机会、制定改进计划、实施改进措施并评估效果等一系列系统性的工作。如果对标准条款理解不准确，可能导致质量管理体系建立不完善，影响认证结果。

缺乏专业解读：企业内部人员可能缺乏对标准的深入解读能力，无法准确把握标准的核心要点和实施方法。比如，对于 “过程方法” 的应用，可能不知道如何识别和管理企业的各个业务过程，以及如何通过过程之间的相互作用来实现质量管理目标。这种理解上的不确定性可能导致企业在建立质量管理体系时走弯路，浪费时间和资源。

二、体系建立的不确定性

缺乏系统性规划：企业自行建立质量管理体系时，可能由于缺乏经验而没有进行系统性的规划。例如，在确定质量管理体系的范围时，可能没有充分考虑企业的所有产品、服务和活动，导致体系覆盖不全面。或者在编写体系文件时，没有建立合理的文件架构，使得文件之间存在矛盾或重复，影响体系的可操作性。

资源分配不合理：企业在自行建立体系时，可能对所需的资源估计不足，导致资源分配不合理。例如，在人员培训方面，可能没有安排足够的时间和资源来确保员工对质量管理体系的理解和掌握；在设备和技术投入方面，可能没有考虑到为满足质量管理要求而需要进行的更新和改进。资源分配不合理可能使质量管理体系在运行过程中出现问题，影响认证的顺利进行。

三、审核过程的不确定性

难以满足审核要求：企业自己申请认证时，可能不清楚审核的具体要求和重点，导致在审核过程中无法充分展示质量管理体系的有效性。例如，审核员可能会关注企业的内部审核和管理评审是否规范、有效，而企业如果没有按照标准要求进行这些活动，或者在记录和报告方面存在缺陷，就可能无法通过审核。

应对审核的经验不足：企业在面对审核时，可能由于缺乏经验而不知道如何与审核员进行有效的沟通和配合。例如，在回答审核员的问题时，可能表述不清楚或者提供的证据不充分；在审核过程中，可能不知道如何及时处理审核员提出的不符合项，导致问题扩大化。这些都可能增加审核的不确定性，影响认证结果。

四、持续改进的不确定性

缺乏改进动力：企业自行认证后，可能在持续改进方面缺乏动力。因为没有外部的专业指导和监督，企业可能会认为质量管理体系已经建立，只要维持现状就可以了，而忽视了持续改进的重要性。这样可能导致质量管理体系逐渐僵化，无法适应企业内外部环境的变化，影响企业的竞争力。

改进方向不明确：即使企业认识到持续改进的必要性，但在自行管理体系下，可能由于缺乏专业的分析和评估工具，而不知道从何处入手进行改进。例如，企业可能不知道如何通过数据分析来确定质量管理体系中的薄弱环节，以及如何制定针对性的改进措施。这种改进方向的不明确可能使企业的持续改进工作陷入盲目性，效果不佳。