ISO 9001 认证中的严重不符合项会影响认证结果，具体影响如下：

直接导致认证不通过：如果在初次认证审核中发现严重不符合项，表明企业的质量管理体系存在重大缺陷，无法满足 ISO 9001 标准的关键要求，认证机构通常会判定企业不通过认证。例如，企业的关键生产过程完全失控，产品质量无法得到有效保证，这属于严重不符合项，会使企业无法获得 ISO 9001 认证证书12.

需全面整改后重新审核：企业需要针对严重不符合项进行全面深入的整改，制定详细的纠正措施计划，并有效实施整改措施。整改完成后，需向认证机构申请再次审核，只有当所有严重不符合项以及其他不符合项都得到有效纠正，企业才有可能获得认证证书1.

可能导致证书暂停使用：在监督审核中发现严重不符合项，认证机构会认为企业的质量管理体系出现了严重问题，已不符合认证要求，可能会暂停企业的认证证书使用。比如企业在证书有效期内，质量方针和质量目标未得到有效贯彻执行，导致产品质量下滑，出现严重不符合项，认证机构将暂停其证书.

限期整改并接受复查：企业在证书暂停期间，需在规定的期限内完成整改，并向认证机构提交整改报告。认证机构会对企业的整改情况进行复查，若复查合格，证书可恢复使用；若整改仍不合格，认证机构可能会进一步采取措施，如撤销证书1.

影响证书的换发：复评审核是在认证证书有效期满前对企业质量管理体系的重新评估。若复评审核中出现严重不符合项，企业将无法顺利换发新的认证证书，需要对不符合项进行整改，直至符合要求后才能获得新证书.